熒光定量PCR儀（Real-time Fluorescence Quantitative PCR，簡稱qPCR儀）是一種集精密溫控、光學檢測與數據分析于一體的分子生物學分析儀器，用于在PCR擴增過程中實時監測目標DNA或RNA的擴增量，從而實現對初始模板的精確定量。其工作原理基于熒光信號的累積：在PCR反應體系中加入熒光染料（如SYBR Green）或序列特異性熒光探針（如TaqMan探針），隨著每一輪擴增，新合成的雙鏈DNA結合熒光物質并發出信號，儀器通過高靈敏度CCD或光電倍增管實時采集各孔熒光強度，生成擴增曲線。通過設定閾值循環數（Ct值），結合標準曲線，可計算出樣品中目標核酸的初始拷貝數，實現絕對或相對定量。

　　熒光定量PCR儀其主要應用范圍包括以下幾個大類：

　　1、基因表達分析（經典應用）

　　mRNA轉錄水平定量：檢測特定基因在不同組織、不同發育階段、或不同處理條件下（如藥物刺激、脅迫處理）的表達量變化。通常使用SYBR Green或TaqMan探針法，以內參基因（如GAPDH、β-actin）進行歸一化。

　　miRNA/lncRNA等非編碼RNA定量：通過專門設計的引物或莖環引物法，檢測微小RNA等長短非編碼RNA的表達差異。

　　2、臨床分子診斷

　　病原體檢測與定量：

　　病毒載量檢測：如HIV、HBV、HCV、HPV、新冠病毒（SARS-CoV-2）等的核酸定量，用于感染診斷、療效監測和傳染性評估。

　　細菌/真菌檢測：結核分枝桿菌、衣原體、淋球菌、白色念珠菌等病原體的快速鑒定與載量分析。

　　遺傳病篩查與診斷：檢測特定基因突變、缺失、插入或SNP位點（如地中海貧血、囊性纖維化、藥物代謝酶基因型），常用于產前診斷或新生兒篩查。

　　腫瘤分子標志物檢測：檢測癌組織中的特定基因表達量（如HER2、EGFR突變），用于預后評估、靶向用藥指導及微小殘留病灶（MRD）監測。

　　3、藥物研發與毒理學

　　藥效學與藥代動力學（PK/PD）研究：評估藥物處理后目標基因的表達變化，或檢測藥物代謝相關酶類的誘導/抑制情況。

　　siRNA/shRNA干擾效率驗證：在RNA干擾實驗中，定量目的基因被敲低的比例。

　　毒性基因檢測：檢測細胞或動物模型在藥物/化合物暴露下，毒性相關基因（如CYP450家族、氧化應激相關基因）的表達上調情況。

　　4、微生物學與環境檢測

　　微生物定量分析：不依賴培養，直接定量環境樣本（水體、土壤、空氣）或食品中的特定功能微生物數量（如大腸桿菌、沙門氏菌、乳酸菌）。

　　宏基因組學輔助：用于定量環境樣本中特定功能基因的豐度（如氮循環相關基因、抗生素抗性基因）。

　　食源性病原體檢測：快速檢測肉類、乳制品、果蔬中的食源性致病菌和毒素基因。

　　5、轉基因檢測與法醫學

　　轉基因成分定量：檢測農產品、種子或加工食品中轉基因成分的拷貝數或百分比含量（如抗草甘膦大豆、BT玉米）。

　　法醫DNA定量：在STR分型前，先對提取的人類DNA進行定量（常使用人源特異性基因如β-globin或Alu序列），確保模板量在合適范圍，提高分型成功率。

　　種屬鑒定：通過特異性引物區分不同物種來源的肉制品或藥材（摻雜摻假鑒定）。

　　6、免疫學應用

　　細胞因子基因表達：定量T細胞、巨噬細胞等免疫細胞受刺激后，IL-2、IFN-γ、TNF-α等細胞因子mRNA的表達水平。

　　抗體基因重排分析：用于淋巴細胞克隆性增殖的檢測（如淋巴瘤診斷）。